Audit kinerja bandar udara tahap II ini dilaksanakan mulai tanggal 29 Oktober 2007 sampai 9 Nopember 2007 dengan Tim Audit Kinerja Bandar Udara yang terdiri dari personel Direktorat Keselamatan Penerbangan, Direktorat Teknik Bandar Udara, Direktorat Fasilitas Elektronika dan Listrik Penerbangan dan Direktorat Angkutan Udara.
5 (Lima) Bandara yang diaudit pada tahap II ini adalah Bandar Udara Hang Nadim - Batam, Bandar Udara Supadio - Pontianak, Bandar Udara Minangkabau - Padang, Bandar Udara Adi Sutjipto - Yogyakarta dan Bandar Udara Sam Ratulangi - Manado.
Seperti halnya Audit Kinerja Bandar Udara Tahap I, aspek yang dinilai meliputi Aspek Keselamatan yang terdiri dari 45 butir obyek penilaian, Aspek Keamanan terdiri dari 13 butir obyek penilaian dan Pelayanan terdiri dari 31 butir obyek penilaian.
Rekapitulasi akhir hasil audit tahap II ini adalah sebagai berikut:
Keterangan:
M = Memenuhi
MC= Memenuhi dengan Catatan
TM= Tidak Memenuhi