Fasilitas sisi udara (airside) merupakan area vital yang menunjang seluruh pergerakan pesawat, mulai dari pendaratan, parkir, hingga lepas landas. Berikut adalah fasilitas utama di Bandar Udara Wunopito:

Landasan Pacu (Runway): Landasan Pacu adalah area utama berbentuk persegi panjang yang digunakan pesawat untuk melakukan pendaratan (landing) dan lepas landas (take-off). Fasilitas ini menjadi infrastruktur paling krusial untuk operasional penerbangan yang aman dan lancar di Bandar Udara Wunopito.

Landasan Hubung (Taxiway): Landasan Hubung berfungsi sebagai jalur penghubung antara Landasan Pacu dengan Apron. Setelah mendarat, pesawat akan melalui Taxiway untuk menuju area parkir, dan sebaliknya, pesawat akan melewatinya dari Apron menuju Landasan Pacu sebelum lepas landas.

Apron (Aircraft Parking Stand): Apron adalah area yang diperuntukkan sebagai tempat parkir pesawat. Di lokasi ini, berbagai kegiatan pelayanan darat (ground handling) dilakukan, seperti, memuat dan membongkar kargo, dan kegiatan turun dan naik penumpang.

Alat Bantu Pendaratan Visual (Visual Aids): Fasilitas ini terdiri dari marka (garis penunjuk di landasan), rambu, dan sistem pencahayaan yang membantu pilot dalam mengendalikan pesawat saat bergerak di darat, lepas landas, maupun mendarat. Alat bantu ini sangat penting untuk menjamin navigasi yang aman, terutama saat kondisi visibilitas rendah.

Fasilitas Pertolongan Kecelakaan Penerbangan dan Pemadam Kebakaran (PKP-PK): Unit PKP-PK adalah tim garda terdepan yang bertanggung jawab atas penanggulangan keadaan darurat di bandara. Dilengkapi dengan kendaraan pemadam khusus dan personel terlatih, fasilitas ini siaga 24 jam untuk memberikan pertolongan cepat jika terjadi kecelakaan penerbangan atau kebakaran.

Gedung AIRNAV (Air Navigation): Gedung ini merupakan pusat kendali lalu lintas udara yang dioperasikan oleh AirNav Indonesia. Petugas pemandu lalu lintas udara (Air Traffic Controller) di dalamnya bertugas memberikan layanan navigasi, mengatur pergerakan pesawat di udara dan di darat, serta memastikan terciptanya keselamatan penerbangan di wilayah udara sekitar bandara.