Sebagai jantung aktivitas di sisi udara, Apron Bandara Komodo dirancang untuk menunjang operasional penerbangan yang aman, lancar, dan efisien. Terdiri dari Apron A seluas 220 × 100 meter dengan kapasitas 5 parking stand, serta Apron B berukuran 125 × 136 meter dengan kapasitas 3 parking stand, fasilitas ini dibangun menggunakan kombinasi konstruksi Asphalt Hotmix dan Cement Concrete yang memiliki daya dukung tinggi sesuai standar operasional penerbangan. Dengan total 8 parking stand, apron Bandara Komodo siap melayani berbagai tipe pesawat dan mendukung peningkatan konektivitas udara menuju Labuan Bajo.