Apron Bandara Komodo merupakan area strategis di sisi udara yang digunakan sebagai tempat parkir pesawat serta pelaksanaan kegiatan operasional seperti naik turun penumpang, bongkar muat bagasi, pengisian bahan bakar, dan pemeriksaan teknis pesawat. Fasilitas ini terdiri dari dua area, yaitu Apron A berukuran 220 × 100 meter dengan konstruksi Asphalt Hotmix, nilai PCR 480 FC/X/U, dan kapasitas 5 parking stand. Apron B berukuran 125 × 136 meter dengan konstruksi Cement Concrete, nilai PCR 1180 RC/X/T, dan kapasitas 3 parking stand. Secara keseluruhan, apron memiliki kapasitas 8 parking stand yang mendukung kelancaran operasional penerbangan di Bandara Komodo.