Fasilitas sisi udara di Bandar Udara Gebe dirancang untuk mendukung operasional penerbangan yang aman, tertib, dan efisien. Terdiri dari Runway sebagai landasan utama pesawat untuk lepas landas dan mendarat, Runway Strip sebagai area pengaman di sekitar landasan, Taxiway yang menghubungkan pergerakan pesawat menuju Apron dan Runway, serta Apron sebagai area parkir, pelayanan, dan persiapan pesawat sebelum keberangkatan maupun setelah kedatangan. Seluruh fasilitas ini menjadi bagian penting dalam mendukung konektivitas udara dan kelancaran pelayanan penerbangan di Bandara Gebe.