Area Tunggu Penumpang Bandara Juwata menyediakan fasilitas yang nyaman bagi penumpang, dilengkapi dengan tempat duduk, informasi penerbangan, charging station, musala, toilet, area bermain anak, nursery room, serta tenant UMKM yang menawarkan makanan, minuman, oleh-oleh, dan produk unggulan khas Kalimantan Utara untuk menemani waktu tunggu sebelum keberangkatan.
